Organi dell'Associazione provinciale sono, oltre che l'Assemblea dei Soci, il Consiglio di Amministrazione, il Collegio dei Revisori e il Collegio dei Probiviri.

Per meglio aderire alle particolarità territoriali della provincia di Venezia e in funzione delle ULSS, la Sezione AIL è strutturata in Gruppi.

Sono stati riconosciuti dal Consiglio di Amministrazione i Gruppi di Dolo e Riviera del Brenta, di Pramaggiore e Veneto Orientale e di Chioggia

Il nucleo centrale della sezione si fa carico delle città di Venezia centro storico, isole, litorale e Mestre (ambito della ULSS 12 Veneziana) e dei relativi Ospedali (Ospedale Civile SS. Giovanni e Paolo di Venezia e Ospedale dell'Angelo di Mestre) presso i quali è istituita la Divisione di Ematologia, centro di riferimento per il Veneto centrale e orientale nel piano sanitario regionale.